Расположена Марий Эл в бассейне реки Волга, преимущественно на левобережье, на правом берегу обосновался только Горномарийский район, единственный из ее 14 районов.
Территорию юго-запада республики, левобережье Волги, занимает, дренируемая левыми притоками Волги, Марийская низменность. Среди них, протекающие по ее восточной части, реки Малая Кокшага и Большая Кокшага. На Малой Кокшаге стоит столица республики. Исток река берет на склонах Вятских увалов, оканчивает свой путь, впадая в Куйбышевское водохранилище. Ее длина около 200 км, она принимает два крупных притока – Малый Кундыш и Большая Ошла. В отличие от Малой Кокшаги, на которой расположен город с многочисленным населением, Большая Кокшага в своем бассейне на территории республики крупных поселений не имеет. Там создан заповедник с одноименным названием – «Большая Кокшага». Река имеет два крупных притока – Большой Кундыш и Рутка.
Восточная сторона Марий Эл представлена возвышенностью Вятский Увал. На ее поверхности распространено такое явление как карст. Это определенный процесс, в результате которого из-за растворения горной породы водой, ее поверхности покрывают пустоты. За годы, в результате этого явления, там появилось множество оврагов, территория иссечена долинами рек. Наиболее крупные из них реки Немда, Буй, Уржумка, Шошма, Илеть. Большинство озер, образовавшихся на поверхности, также имеют карстовое происхождение. На территории республики развито судоходство, осуществляется оно преимущественно по рекам Волга и Ветлуга. Общая протяженность путей составляет более 300 км.
Природа щедро одарила земли республики. Реки, озера и леса, где можно встретить самых разных представителей животного мира, и насладиться красотой уникальных растений – все это есть в Марий Эл. В основном, преобладают леса смешанного типа. На западе и в центральной части земель совместно произрастают хвойные породы деревьев, представители: ель, сосна, пихта; и лиственные породы, преимущественно береза. Вдоль берегов рек встречаются в основном дубово-липовые леса. Незначительная площадь республики покрыта травяными болотами. Свыше 1400 видов растений представляют флору Марий Эл. Среди них 107 редких и исчезающих, они занесены в Красную книгу республики. Животный мир не уступает своим разнообразием. На территории можно встретить волка, бурого медведя, лису, рысь, лося и др.; из представителей мира пернатых – тетерева, глухаря, рябчика, залетает и беркут, на озерах создают свои гнезда кряква, чирок-свистунок.